Chiamate anche proteine chimeriche, cioè composte da parti che hanno origini differenti.
Sono create unendo due o più geni che in origine codificano per proteine separate; la trascrizione e la traduzione dei geni di fusione così creati originano un polipeptide/proteina che possiede proprietà funzionali derivate da ciascuna componente originale.
Le proteine di fusione sono create artificialmente attraverso la tecnologia del DNA ricombinante per scopi terapeutici o di ricerca.