Un paziente su quattro con HIV può mostrare deficit di tipo cognitivo, nel 25% dei casi diagnosticabile solo tramite specifici test. Possono essere anche riscontrati problemi motori. I sintomi neurologici gravi si riscontrano solo nei sieropositivi non in terapia, situazione ormai rara. I sintomi neurologici sono riconducibili ad infezioni a carico di alcune cellule nel sistema nervoso centrale, come i macrofagi e la microglia.
